En enero de 2001, el Jefe de Gobierno del Distrito Federal integró el Consejo Asesor al que encomendó la elaboración de un proyecto para crear una universidad pública en la Ciudad de México; dicho consejo estaba integrado por distinguidos académicos y académicas cuyo trabajo dio lugar a que, el 26 de abril del mismo año, el propio Jefe de Gobierno publicara en la Gaceta Oficial del Distrito Federal el Decreto de creación de la Universidad de la Ciudad de México, y nombrara rector de esta casa de estudios a uno de los integrantes del Consejo Asesor. La Tercera Legislatura de la Asamblea Legislativa del Distrito Federal aprobó, el 16 de diciembre de 2004, la Ley de la Universidad Autónoma de la Ciudad de México, misma que fue publicada en la Gaceta Oficial del Distrito Federal el 5 de enero de 2005. Para dar cumplimiento al transitorio segundo de la Ley mencionada, se hizo pública la convocatoria para elegir al Consejo General Interno (CGI); después de la elección, el Consejo Asesor instaló el CGI el 1 de agosto de 2005; este órgano colegiado estuvo en funciones hasta que fueron electos los miembros del primer Consejo Universitario y el propio Consejo Asesor instaló ese órgano colegiado el 18 de diciembre de 2007. Una vez que fue aprobado el Estatuto General Interno, el Consejo Asesor cesó en sus funciones; se convocó entonces a la elección de quienes integrarían el segundo Consejo Universitario, que entró en funciones 18 de agosto de 2010.